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GWAS研究的利器——Omni5芯片

來(lái)源:生物通 作者:佚名 責(zé)任編輯:admin 發(fā)表時(shí)間:2011-08-10 21:04 
核心提示:Omni芯片家族自2009年上市以來(lái),已經(jīng)提供了一系列靈活的芯片,它們帶來(lái)了精選自國(guó)際HapMap計(jì)劃和千人基因組計(jì)劃的常見(jiàn)和稀有變異。有了Omni芯片家族,研究人員能夠立即開(kāi)始新一代GWAS。如今,家族中的旗艦產(chǎn)品Omni5來(lái)了。

Illumina公司近日宣布,它已經(jīng)開(kāi)始發(fā)售HumanOmni5-Quad DNA Analysis BeadChip芯片(簡(jiǎn)稱Omni5)。此款芯片為Omni芯片家族的旗艦產(chǎn)品。

Omni芯片家族自2009年上市以來(lái),已經(jīng)提供了一系列靈活的芯片,它們帶來(lái)了精選自國(guó)際HapMap計(jì)劃和千人基因組計(jì)劃的常見(jiàn)和稀有變異。有了Omni芯片家族,研究人員能夠立即開(kāi)始新一代GWAS。如今,家族中的旗艦產(chǎn)品Omni5來(lái)了。

4個(gè)樣品的Omni5芯片特有超過(guò)430萬(wàn)個(gè)標(biāo)記物/樣品。此外,Omni5還能容納最多50萬(wàn)個(gè)定制標(biāo)記物,為研究提供了靈活性。此芯片能夠靶定次要等位基因頻率(MAF)低至1%的變異,顯著擴(kuò)展了稀有變異的數(shù)量。研究人員可高效可靠地研究稀有變異,以闡明復(fù)雜疾病背后的遺傳機(jī)制,這讓Omni5成為GWAS研究的強(qiáng)大工具。

Omni5代表了Illumina Omni路線圖上的一項(xiàng)重大成就,此路線圖為研究人員提供了一系列靈活的芯片,特有來(lái)自千人基因組計(jì)劃的新穎、常見(jiàn)和稀有變異。除了提供人類變異(MAF低至1%)的密集覆蓋,Omni5上的內(nèi)容還覆蓋了基因組中與疾病關(guān)聯(lián)的高價(jià)值區(qū)域,包括基因區(qū)域、MHC區(qū)域和非同義SNP。芯片還特有來(lái)自千人基因組計(jì)劃的近5000個(gè)插入缺失和多堿基替換標(biāo)記物,能幫助研究人員闡明結(jié)構(gòu)變異如何影響性狀和疾病。

Omni5芯片可容納4個(gè)樣品,每周的樣品通量可達(dá)460個(gè)。它可利用HiScan或iScan系統(tǒng)來(lái)掃描,并與Illumina的自動(dòng)化方案完全兼容。

牛津大學(xué)Wellcome Trust人類遺傳學(xué)中心的Robert Turner教授認(rèn)為,基于HapMap的全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)向復(fù)雜疾病研究邁出了巨大的一步,但也有更多有待發(fā)現(xiàn)。他談到:“Omni5更廣地覆蓋了常見(jiàn)和稀有變異,為科學(xué)界提供了一個(gè)更深度挖掘疾病遺傳機(jī)理的工具。我們還注意了Omni5的定制靈活性,這樣,我們就能夠用我們自己的測(cè)序?qū)嶒?yàn)所發(fā)現(xiàn)的變異體來(lái)加強(qiáng)傳統(tǒng)的GWAS研究。”

當(dāng)然,若是您剛著手開(kāi)展GWAS研究,也不必非從Omni5入手。Illumina的2010產(chǎn)品路線圖為您提供了多種選擇(如下)。路線圖的多條路徑提供了時(shí)間和預(yù)算的靈活性,以協(xié)助研究人員高效實(shí)現(xiàn)他們的研究目標(biāo)。它能夠讓研究人員選擇路徑,以便帶來(lái)與他們獨(dú)特研究最相關(guān)的內(nèi)容。

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